Наша первая встреча с Донни Дарко (Джилленхол) на восходе солнца; он спит посреди горной дороги.  Он просыпается и осматривает все вокруг, включая его родной город Мидлсекс (Middlesex), штат Верджиния. Да, он лунатик, и никогда точно не знает, где именно проснется следующим утром.

Мы встречаем его Семью: сестру Элизабет(Мэгги Джилленхол, реальная сетсра Джейка), Саманту (Дэйви Чейз) и его родителей  (Мэри МакДоннел и Холмс Осборн). В обсуждении за обеденным столом мы понимаем , что он принимает какое-то лекарство.

Этим же вечером, в полуночи, он встает из постели из-за таинственного голоса. Он следует за голосом на местную площадку для гольфа, где находится Большой говорящий кролик Френк и рассказывает ему, что наступит конец света через 28 дней, 6 часов, 4 минуты и 12 секунд.

Элизабет только вернулась с ночной прогулки — её друг из машины просигналил, войдя она в дом, когда чуть позже взрыв сотрясает дом. Донни, возвратившись  следующим утром, находит свой дом в окружении пожарных машин и копов; пока его не было дома, реактивный двигатель упал с неба, посадка непосредственно была в его спальне. Его семья, увидев его, вздохнула с облегчением, также они рассказали что FAA (Federal Aviation Administration, Федеральное управление гражданской авиации) не знает откуда этот двигатель взялся.


На следующий день в школе, учитель английского Донни — мисс Померой (Дрю Бэрримор) вела обсуждение короткой истории Грэтхем Грин «Разрушение». Ее прервала новая ученица Гретхен Роз(Джена Мэлоун), спросив где ей сесть. «Сядь рядом с мальчиком, который тебе наиболее симпатичен ». Гретхен села рядом с Донни Дарко, как и все мы.

Возвращаясь на машине из школы, отец Донни чуть не задавил  «Бабушку смерть», 101-летнею пожилую женщину, живущую в их окрестности. Настоящее имя Роберта Спероу (Roberta Sparrow), Бабушка Смерть  проводит каждый день, проверяя почтовый ящик в поиске письма, кажется которому никогда не суждено прийти. Донни помогает ей встать с дороги, она кое-что шепнула ему на ухо.

После бесполезного сеанса терапии с др. Турман (Катрин Роз), Донни этой же ночью встречает Фрэнка , снова. Фрэнк посылает его сломать водоснабжение в подвале его школы; Донни Дарко также вонзает топор в  бронзовую голову  школьного талисмана. Школу закрывают на следующее утро, из-за последствий затопления, и Донни провожает Гретхен  до ее автобусной остановки.  В ходе обсуждения, Гретхен поведала, что она переехала из города, потому что ее отчим нападал с ножом на ее мать. Донни Дарко предложил гулять с ним; она согласилась. «Я действительно рад , что школу затопило сегодня», Сказал Донни, потому что иначе  «У меня с тобой никогда бы не было этого разговора».

Несколько ночей спустя, пока родители Донни находились на  родительском собрании, Донни встретил Фрэнка снова, на этот раз в своей ванной комнате. Когда он попытался прикоснуться к Фрэнку, какой-то барьер помешал ему. Фрэнк спросил его «Веришь ли ты в путешествия во времени» ?

Учитель физкультуры, мисис Фармер (Бет Грант), кажется в рамках учебной программы, показывала видеоруки, ужасного качества,  из серии решения собственных проблем своими силами, от Джима Каннинхем (Патрик Суэйзи). Попытка Донни завлечь в эту игру заставляет его разразиться.  Его отстраняют от внеклассных мероприятий в течение шести месяцев.

Несколько дней спустя, Донни спрашивает своего учителя, доктора Моннитоф (Ной Уайл) знает ли он что-нибудь о путешествиях во времени. Моннитоф отвечает с энтузиазмом; для путешествия во времени тебе нужна некого рода металлический корабль, и пространственно-временная червоточины (туннели в гипотетической модели Вселенной). Он отдает Донни книгу «Философия путешествий во времени», книга, написанная никем другим как Бабушка Смерть, в прошлом когда была школьным учителем в школе Донни.

На терапии Донни рассказывает, что Бабушка Смерть шепнула ему «Каждое живое существо на земле умирает в одиночестве». Он признается доктору Турману как  боится остаться в одиночестве, и умереть в одиночестве.

Смотря футбольную игру, Донни удивленно замечает, исходящие из живота своего отца серебристые, водные капли. Капля растягивается и предшествует движением его отца, как он встает, как идет к холодильнику; она выглядит как водяная змея, и кажется видимым проявлением будущего отца. Донни видит его собственное будущее, исходящее из его живота, он следует  за этим потоком, он поднимается по лестнице в комнату его родителей, где находит пистолет, спрятанный в шкафу.

При обсуждении классного задания, Донни и Гретхен приблизились для поцелуя, но прервались, заметив толстого парня в спортивном костюме, наблюдающего за ними  с сигаретой в руках.

Поздно ночью, Донни встречает Фрэнка в его ванной, снова. Используя кухонный нож, он стучит по жидкому барьеру между ними; правый глаз Фрэнка вспыхивает, как отметка для ножа для удара по барьеру.

Джим Каннингем приглашает Донни рассказать о себе для самолечения на школьном собрании.  Донни в ответ спрашивает сколько он получает денег за подобные семинары и называет его антихристом. Его выводят из аудитории.

Донни показывает книгу Гретхен «Философия путешествий во времени». «Я видел вещи», говорит он, и книга повествует о видениях которые со мной случались «Это не может быть совпадением», добавил он. Донни Дарко и Гретхен пытались навестить Роберту Спэроу, но она не подошла к двери. Донни просмотрел почтовый ящик. Он пуст.

Донни Дарко находит бумажник Джима Каннингема на дороге. Мы слышим голос Фрэнка: «Теперь ты знаешь где он живет»

Первый раз поцеловавшись, Донни и Гретхен идут в кино, Сэм Реми «Зловещие мертвецы». Гретхен сразу засыпает и Донни видит Фрэнка, сидящего рядом с ним. Донни просит снять этот костюм кролика. Фрэнк снимает маску и оказывается обычным парнем с изуродованным правым глазом. Фильм на экране заменяется картиной Домом Каннингема. «Спалить дотла»  произносит Фрэнк.

Тем временем, семья Донни находится на шоу школьных талантов, где его младшая сестра Саманта выступает в группе «Восходящая искорка» (Sparkle Motion) (тренер миссис Фармер). Они находятся под взглядами восторженной толпы и таинственной женщиной с планшетом. (Донни не было разрешено присутствовать, т.к он отстранен от внеклассных мероприятий). Пока выступала сестра Донни, мы видим полыхающий дом Джима Каннингема. Пожарные обнаружили детскую порнографию в подвале в развалинах особняка Каннингема, он арестован на следующий день.

Смятенная миссис Фармер навестила мать Донни. «Восходящая искорка» была приглашена на выступления «Поиск звезды 88», но миссис Фармер должна присутствовать на процессе обвинения Каннингема и не может сопровождать их. Мать Донни соглашается лететь в Лос-Анджелес  с девочками для записи.

Мы видим Донни держащее письмо адресованное к Роберте Спероу.

Донни навещает мисс  Помероу, которую уволили. Она написала слова «Дверь погреба» («cellar door») на ее доске и говорит ему, что «известный лингвист» объявила их самыми красивыми словами на английском языке.

На терапии, загипнотизированный Донни видит Фрэнка снова. Он волнуется. Когда он приходит в себя, доктор Труман говорит Донни, что его таблетки это плацебо.

Воспользуясь отсутствием родителей Донни и Элизабет Дарко решили устроить вечеринку. Дом наполняется костюмированными старшеклассниками, танцующими под  Джой Дивижн  (Joy Division ). Гретхен стучится в дверь, крича, что ее мама исчезла, и она боится, что ее отчим нашел их. Донни и Гретхен поднимаются наверх. Bow chicka bow chicka bow chicka bow.  Пока они занимаются своими делами, мать Донни звонит и оставляет на автоответчик сообщение, что она и Саманта вернутся позже. Внизу, Элизабет спрашивает друга, видели ли они Фрэнка.

Полночь. Осталось шесть часов.

Донни и Гретхен возвращается вниз.  Донни Дарко видит будущее окружающих; он следует за своим собственным на кухню, где написана записка «Франк был здесь. Отправился  за пивом». Капля от Гретхен приближается к Донни;  Он падает на колени, смотрит внутрь и  видит туннель идущий через облака.  Он и Гретхен оставляют вечеринку и уезжают  на велосипедах,  в дом к Роберте Спероу.

Оказавшись там, они проходят через дверь в погреб; два головореза из их школы нападают на них с ножом; Они борются в пыльном дворе, мы видим свет приближающихся фар. Один из бандитов  бросает Гретхен  на землю «Deus ex machina» ,говорит  Донни.

Машина приближается, но посреди дороги оказывается Роберта Спероу, держа в руках письмо Донни. Автомобиль съезжает с дороги, чтоб избежать столкновения, но попадает прямо на Гретхем, убивая её. Бандиты убегают, в то время как Донни побежал в сторону Греттхем. Два парня выходят из машины: парень в костюме Клоуна и Фрэнк  одетый в костюм кролика, без маски. «Она умерла», дрожащим голосом спросил Фрэнк. Вероятно, они раньше не встречались. Донни убивает его,  выстрелив ему в правый глаз.

Роберта Спероу подходит к Донни «Приближается Буря», говорит она «Ты должен спешить».

Раннее утро. Донни осторожно кладет тело Гретхем в машину, смотря на жуткое черное облако над домом. Он едет в горы,  где и начался фильм, садится на капот машины. Мы слышим голос Фрэнка «Я иду домой». В отдалении, черные воронки облако висящие над  Мидлсекс; крошечный самолет скрывается в облаке. Донни смотрит на горизонт.

Мы видим, мама Донни и сестра на самолете, происходит взрыв, и пассажиры начинают кричать. Реактивный двигатель попадает в туннель в облаках. Мы слышим голос Гретхен повторяющий то, что она сказала в начале фильма: «Что если бы вы могли вернуться назад во времени и забрать эти часы боли и темноты и заменить их чем-то лучшим». Мы видим картинки  событий последних 28 дней, проматываются в обратном направлении.  Время течет назад, в то время как мы слышим письмо Донни Дарко к Роберте Сперроу. «Я могу только надеяться, что ответы будут приходить ко мне во сне», говорит он.

Мы видим, Донни в своей спальне, смеясь. Это 2 октября, еще раз, вскоре после полуночи. Элизабет приходит через парадную дверь её сопровождают гудки автомобиля. Донни Дарко лежит в постели, когда реактивный двигатель  врывается в его комнату.

Доктор Турман просыпается задыхаясь. Миссис  Померой и доктор Монитоф в постели, вместе, он не спит, глядя в потолок. Джим Каннингем плачет в своей постели. Мисис Фермер смотрит в ужасе. Среди рисунков и моделей маски кролика, Фрэнк смотрит угрюмо в пустоту.

На следующее утро, Гретхен едет на велосипеде мимо дома Дарко. Она спрашивает местного мальчугана, что произошло, и он говорит что парень по имени Донни Дарко умер. Мать Донни, с сигаретой в руке, стоит во дворе на фоне плачущей семьи. Гретхен осторожно помахала; Роуз Дарко помахала в ответ. Следом помахал мальчик .

Часть 3. Что же черт возьми это было?
Часть 1. Вступление